在净化车间建设过程中，设备和工艺是相互依存的，好的设计工艺需要由相关设备来支撑。选择净化车间设备，总的原则是技术先进，适用可靠和经济合理。因此，对各种生产工艺和流程所需主要设备和辅助设备的型号、规格、数量、来源和价格要进行研究，主要比选各设备方案对建设规模的满足程度，对产品质量和生产工艺要求的保证程度，设备使用寿命，物料消耗指标，安装试车技术服务以及所需的设备投资等。
在选择净化车间设备时，应注意相关事项，并遵循一定的原则。首先，设备的选型必须围绕项目建设的目标来进行。设备的选型是项目建设的重要环节，选型不当，不仅给以后的管理带来困难。还会影响到企业固定资产的有效利用，造成设备的闲置、封存、积压、甚至报废。
净化车间设备的性能要完全满足企业生产工艺的要求。选型必须了解产品的生产工艺，尽可能清楚产品的加工过程及加工性质。购置的各种净化车间设备一定要适用于生产的要求，同时适用于产品品种和质量的要求。如果购置的设备不适用或员工不易掌握，哪怕技术上再先进也是徒劳。
净化车间设备的效率如何，也是企业在选择时应考虑的。在确定设备型号前，必须考虑企业产品的生产量、企业自身资金、市场、员工素质等。单纯追求高产自动化设备，不一定能发挥设备效能。只有在大批量生产的情况下，且员工素质较高，才能用高效设备，否则得不偿失。
